九月份，徐鸿儒粮尽援绝，突围不成而被俘。除了其本人被押解到京师斩首示众之外，白莲教一干主犯六千余人被山东巡抚赵彦在曲阜斩首，他还把战死的起义民众以及无辜被杀的平民尸体都收集起来，筑为“京观”，立碑为记，借以恐吓民众，“稗后之人观之曰，此固向者妄窃名号，自干天诛者也，其谁复敢逞狼心而奋螳螂哉！”
历时七个月的白莲教起义彻底被官军剿灭，一时之间，邹、滕、郓、峄一带，户口大减，一片“流亡壁立少炊烟”的残破景象。
据不完全统计，此次起义，包括地震伤亡，死伤叛军、官军、百姓共约三十万余人，白莲教胁从五十万余人将被分别押往辽东、远东以填补两地。
战前人口为六百八十万的山东，在天启三年人口统计时，不光人口增长到了八百万，连田亩都比战前多了三百万亩，光孔孟两家就贡献了一百五十万亩。
这些人口与田亩仅仅只是遭受兵灾、地震祸害的鲁南地区，这样扩散至全国，还有多少倍藏匿的田亩和人口？
对此，朱由校是大发雷霆，他更是扬言要派新军去全国十七个省彻查田亩、人口之事，为了安抚皇帝的情绪，以及堵住天下悠悠重口，无奈的内阁在天启三年中开始了长达三年的理清全国田亩、人口的普查工作，不过这也只是后话了。
......
叛乱终于得以平息，衍圣公的传承不能断，虽然文官集团对于救援不力的皇帝颇有怨言，但最终还是胳膊肘拧不过大腿，只能在孔系子孙中寻找继任者，经过一番查找，还真找到了一位。那就是万历四十七年进士科榜眼孔贞运，这位孔子第六十二代传人。
这也是朱由校非常认可的一位官员，崇祯皇帝在煤山吊死之后，此人与衍圣公孔胤植做出了不同的选择，他悲壮的为大明朝殉葬了。所以，同样是孔子传人，没道理在主脉完全断掉的前提下，不能由他来继承衍圣公的爵位。
没有任何犹豫，朝廷最终封孔贞运为第六十三代衍圣公。
当孔贞运踏入曲阜一个月之后，他主动上书朝廷，言明，希望朝廷恢复衍圣公两千公顷禄田，换算下来不过才二十万亩而已，不仅如此，连佃租户也恢复到五百户。也就是说，他主动提出将多出来的八千公顷历代衍圣公强取豪夺而来的田产还给百姓，同时，更是与十万佃租户取消雇佣关系，还他们自由。
虽然，孔府与孟府千百年来所做的种种行径，借着这次叛乱之机迅速传遍了大江南北。那些曾经隐藏在深宅大院背后的肮脏勾当和腐朽不堪的行为，如今都赤裸裸地暴露在了世人面前。这件事无疑给儒家思想带来了极其沉重的打击，其影响力之深远简直难以估量。而对于士绅阶级来说，他们长期以来赖以维系地位和特权的根基开始动摇；至于大明王朝的统治，则更是因此受到了无法预估的冲击。
但是孔贞运得行为，极大地挽回了全国百姓对衍圣公一系的感观，面对知错能改的衍圣公，全国上下无不是感觉朱由校所托非人，连带着皇帝都在全国百姓心中的威望都得到了提高。
然而，身处旋涡中心的朱由校对此却并未多言一语。他深知，由于官军救援不力导致这场灾难的发生，已经让朝中百官对勋贵乃至他这位皇帝心怀不满，但又只能敢怒不敢言。经此一事，双方之间的矛盾愈发尖锐，彼此间的梁子可谓越结越深。但朱由校坚信，只要自己能够坚定信念、励精图治，终有一天定能化解这场危机，重振大明王朝昔日的辉煌。
为了平息朝野上下那熊熊燃烧的怒火，可怜的山东巡抚赵彦被迫背起了救援不力这个沉重的黑锅。于是乎，这位倒霉蛋就这么“被贬”到了遥远的广东，走马上任成为新一任的巡抚大人。而原来的广东巡抚陈邦瞻则得到了内阁信任，荣升为两广总督，肩负起了至关重要的使命——负责整个两广地区的新军编练、建造强大的海军舰船，并且大力推广那具有深远意义的改土归流国策。
与此同时，朝廷还做出了一项重大决策：撤销了登莱巡抚一职，并将其与山东巡抚进行合并。经过一番深思熟虑后，最终决定由德高望重的徐光启出任合并后的直、鲁总督，而登州知府孙元化也得以高升，成为新任的山东巡抚。上任伊始，孙元化便雷厉风行地在山东展开了一系列行动，以雷霆万钧之势严厉打击土地兼并现象，坚定不移地推行各种利国利民的新政。不仅如此，他还对登莱新军进行了大刀阔斧的改革和整编，将其正式更名为鲁军，并迅速扩编至令人瞩目的六万大军规模！
另外，那位在赈灾工作中立下赫赫战功的济南知府徐从治也获得了新的任命。他被调往山西担任巡抚一职，身上同样背负着打击土地兼并、积极推行新政以及编练新军等艰巨任务。更为关键的是，他要想方设法将大同镇的边军彻底纳入新军体系之中，使之成为一支真正能够保家卫国、扞卫边疆安宁的精锐之师。
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