申屠刚、杜林从隗嚣那里前来归附，刘秀都任命他们为侍御史。还任命郑兴为太中大夫。
三月，公孙述派田戎出兵江关，想召集他以前的部众，进而夺取荆州，但没有成功。刘秀于是下诏给隗嚣，打算从天水出兵讨伐公孙述。隗嚣上书说：“白水地势险要，栈道也毁坏断绝了。公孙述性情严酷，上下互相猜忌，等他的罪恶更加明显的时候再攻打，就能形成一呼百应的形势。”刘秀知道隗嚣终究不会为自己所用，就谋划着讨伐他。
夏天，四月丙子日，刘秀前往长安，拜谒帝王陵寝；派遣耿弇、盖延等七位将军从陇道出发讨伐蜀地，先派中郎将来歙带着玺书给隗嚣，传达旨意。隗嚣又设置了很多疑问和障碍，事情拖了很久，犹豫不决。来歙忍不住，气愤地责备隗嚣说：“皇上认为你能明辨是非，知晓兴衰，所以才亲自写信向你坦诚心意。你之前表现忠诚，送了隗恂来做人质，现在却反而听信奸佞迷惑的话，要走上灭族的道路吗？”说着就想上前刺杀隗嚣。隗嚣起身进入内室，部署士兵要杀来歙，来歙从容地拿着符节上车离开，隗嚣派牛邯带兵包围看守他。隗嚣的将领王遵劝谏说：“来歙虽然是单身一人远道而来，但他是陛下的表兄，杀了他对汉朝没什么损失，反而会招来灭族之祸。以前宋国扣留楚国使者，结果就发生了百姓交换孩子吃、劈开骨头当柴烧的惨祸。小国都不能随便侮辱使者，何况是大国的君主，再加上隗恂的性命还在汉朝手里呢！”来歙为人重信义，言行一致，他之前往来游说的事情都经得起查验；西州的官员和士人都信任敬重他，很多人替他说话，所以他才得以脱身回到东边。
五月己未日，刘秀从长安回到京城。
隗嚣于是发兵反叛，派王元占据陇坻，砍伐树木堵塞道路。各位将领和隗嚣交战，大败而回，各自带兵退回陇地；隗嚣追击很急，马武挑选精锐骑兵断后，杀敌数千人，各军才得以退回。
六月辛卯日，刘秀下诏说：“设置官员，是为了百姓。现在百姓遭遇灾难，人口减少，但是县里的官吏职位设置还很繁杂。命令司隶校尉、各州牧各自核实自己管辖的区域，裁减官员，那些人口少、不值得设置长官的县就合并。”于是一共合并减少了四百多个县，官吏职位减少，只保留了十分之一。
九月丙寅日是月底，发生了日食。执金吾朱浮上疏说：“以前尧、舜盛世，官员也要经过多次考核；汉朝兴起，官员也是靠长期积累功绩，很多官员任职时间长，子孙都长大了。当时的官吏职责，哪能都治理得好呢，议论的人难道会不喧闹吗？大概是认为成就天地那样的大功不能仓促行事，艰难的事业需要长时间积累。但近来地方官员频繁更换，迎来送往，在路上疲惫奔波。他们到任时间短，不足以充分展现他们的职责，又受到严厉的要求，人人自危，迫于被检举弹劾，害怕被指责讥讽，所以就争相粉饰欺诈，追求虚假的声誉，这就是导致日食月食出现的原因啊。生长太快的东西必定容易夭折，仓促做成的功业必定很快衰败。如果毁掉长久的基业去追求速成的功效，这可不是陛下的福气。希望陛下把眼光放长远，期望国家治理的成效在多年之后显现，那天下就太幸运了！”刘秀采纳了他的建议，从此州牧、太守更换的频率就比较少了。
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建武六年这段历史，呈现出刘秀政权在发展过程中的多方面态势。在军事与政治格局上，刘秀基本平定了东部地区，开始将目光投向隗嚣与公孙述两大势力。然而，刘秀试图拉拢隗嚣共同对付公孙述的计划落空，隗嚣的摇摆与最终反叛，使得局势变得复杂，刘秀不得不直面这一挑战，凸显了统一进程中的曲折。公孙述这边，其内部对于战略决策存在严重分歧，荆邯提出的积极扩张策略因内部反对而搁置，加上公孙述自身施政的诸多问题，如货币改革失败、政事苛细、任人唯亲等，导致内部矛盾激化，大臣不满，为其政权的未来埋下隐患。在官员任用与治理方面，刘秀听从朱浮建议，减少官员更替频率，体现出对国家治理稳定性的重视，通过调整行政机构、精简官员，以适应战后人口减少的现实，有助于减轻百姓负担，恢复社会经济。而刘秀对冯异的厚待，既彰显了他不忘旧情，也起到了激励群臣的作用，稳固了君臣关系。整体来看，这一年刘秀在统一大业、内政管理等方面都在不断探索与调整，虽面临各种困难，但也在逐步朝着建立稳定政权的目标前行。
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