建武九年（公元33年 癸巳年）
春天，正月，颍阳成侯祭遵在军中去世，刘秀下诏让冯异一并统领他的军队。祭遵这人，廉洁简约，做事小心，克己奉公，得到的赏赐都分给了士兵。他带兵纪律严明，所到之处，当地的官吏和百姓都感觉不到军队的侵扰。他选拔人才都用儒家的标准，喝酒作乐的时候，一定是高雅地唱歌、玩投壶游戏。临终前，他留下遗言要薄葬；别人问他家里的事，他始终没说什么。刘秀对他的去世格外悲痛，祭遵的灵柩运到河南时，刘秀穿着素服亲临吊唁，望着灵柩痛哭，十分哀伤。回宫途中，刘秀到城门前，看着运丧的车经过，眼泪止不住地流。丧礼结束后，刘秀又亲自用太牢的礼仪祭祀他。还下诏让大长秋、谒者、河南尹负责办理丧事，大司农提供费用。到下葬时，刘秀又亲临；安葬之后，还到他的坟前，慰问他的夫人和家人。之后朝会的时候，刘秀常常感叹说：“到哪儿能再找到像祭遵这样为国分忧、奉公守法的人呢！”卫尉铫期说：“陛下您太仁爱了，一直不停地哀悼祭遵，让群臣都感到又惭愧又敬畏。”刘秀这才不再提。
隗嚣又病又饿，只能吃干粮，又气又恨，最后去世了。王元、周宗拥立隗嚣的小儿子隗纯为王，聚集兵力据守冀县。公孙述派将领赵匡、田弇去帮助隗纯。刘秀派冯异去攻打他们。
公孙述派他的翼江王田戎、大司徒任满、南郡太守程泛率领几万人从江关出发，打败了冯骏等人的军队，接着攻下巫县以及夷道、夷陵，趁机占据荆门、虎牙。他们在长江上横着拉起浮桥、建起关楼，树立起木柱阻断水道，又在山上扎营，堵塞陆路，以此来抵挡汉军。
夏天，六月丙戌日，刘秀到缑氏县，登上轘辕山。
吴汉率领王常等四位将军，带着五万多人的兵力，在高柳攻打卢芳的将领贾览和闵堪；匈奴派兵救援，汉军作战不利。从这以后，匈奴势力越来越强盛，侵扰掠夺日益增多。刘秀下诏让朱祜驻军常山，王常驻军涿郡，破奸将军侯进驻军渔阳，任命讨虏将军王霸为上谷太守，来防备匈奴。
刘秀派来歙全面监督驻扎在长安的各位将领，太中大夫马援做他的副手。来歙上书说：“公孙述把陇西、天水当作屏障，所以才能多撑些日子。现在这两个郡要是平定了，公孙述也就没什么办法了。应该多挑选兵马，储备物资粮食。现在西州刚经历战乱，士兵百姓又疲惫又饥饿，如果用钱财粮食去招抚，他们的人就能够聚集起来。我知道国家需要供给的地方不止一处，费用可能不足，但这也是没办法的事啊！”刘秀觉得他说得对。于是下诏在汧县储备了六万斛粮食。秋天，八月，来歙率领冯异等五位将军到天水讨伐隗纯。
骠骑将军杜茂和贾览在繁畤交战，杜茂的军队打了败仗。
从王莽末年开始，各个羌族部落就进入塞内居住，金城的属县大多被他们占据。隗嚣没办法征讨，就只能安抚接纳他们，征调他们的人马来和汉军对抗。司徒掾班彪上书说：“现在凉州各郡都有投降的羌人，羌人披散着头发，衣襟向左开，和汉人杂居在一起。他们习俗不同，语言也不通，经常被一些狡猾的小官吏欺负掠夺，走投无路又气愤无奈，所以才会反叛。蛮夷引发的战乱，大多是这个原因。按照旧制，益州部设置蛮夷骑都尉，幽州部设置领乌桓校尉，凉州部设置护羌校尉，他们都拿着符节，负责安抚这些少数民族，处理他们的矛盾，每年按时巡查，询问他们的疾苦。还经常派翻译去沟通，了解他们的动静，让塞外的羌人成为官吏的耳目，这样州郡就能提前做好防备。现在应该恢复旧制，以此来显示威严，加强防范。”刘秀听从了他的建议，任命牛邯为护羌校尉。
有盗贼杀害了阴贵人的母亲邓氏和她的弟弟阴欣。刘秀非常伤心，封阴贵人的弟弟阴就为宣恩侯，又把阴就的哥哥侍中阴兴召来，想要封他，把印绶都摆在面前了。阴兴坚决推辞说：“我没有冲锋陷阵的功劳，可一家人好几个人都承蒙封爵赐土，这会让天下人失望，我实在不愿意这样！”刘秀很赞赏他，没有强行改变他的想法。阴贵人问他为什么，阴兴说：“外戚家族就怕不知道谦虚退让，嫁女儿就想许配给王侯，娶媳妇就盯着公主，我心里实在不安。富贵是有尽头的，人应当知足，过于夸耀奢侈只会被人讥讽。”阴贵人听了他的话很有感触，深深自我克制，始终没有为宗亲谋求官职。
刘秀把寇恂召回，任命渔阳太守郭汲为颍川太守。郭汲招降了山贼赵宏、召吴等几百人，让他们都回家务农，然后自己上书弹劾自己擅自做主。刘秀没有怪罪他。后来赵宏、吴等山贼的党羽听说了郭汲的威望，有的从江南，有的从幽州、冀州远道而来，不约而同地前来投降，络绎不绝。
莎车王康去世，他的弟弟贤继位，贤攻打并杀死了拘弥、西夜的国王，然后让康的两个儿子分别去做这两个国家的国王。
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