建武十八年（公元42年 壬寅年）
二月，蜀郡的守将史歆造反，攻打太守张穆，张穆翻墙逃走；宕渠的杨伟等人也起兵响应史歆。刘秀派吴汉等率领一万多人去讨伐他们。
甲寅日，刘秀前往长安；三月，到蒲坂，祭祀后土神。
马援沿着海边进军，开山辟路一千多里，到达浪泊，与征侧等人交战，把他们打得大败，一直追到禁谿，贼军于是四处逃散。
夏天，四月甲戌日，刘秀回到宫中。
戊申日，刘秀前往河内；戊子日，回到宫中。
五月，发生旱灾。
卢芳从昌平回去后，心里又疑惧不安，于是再次造反，和闵堪互相攻打了好几个月，匈奴派几百名骑兵把卢芳接到塞外。卢芳在匈奴待了十多年后，生病去世。
吴汉征调广汉、巴、蜀三郡的兵力，围攻成都一百多天，秋天，七月，攻下成都，斩杀了史歆等人。吴汉接着乘坐木筏顺江而下到巴郡，杨伟等人惊慌害怕，纷纷解散。吴汉诛杀了他们的首领，把他们的几百家党羽迁徙到南郡、长沙，然后才返回。
冬天，十月庚辰日，刘秀前往宜城；返回途中，祭祀章陵；十二月，回到宫中。
这一年，撤销州牧，设置刺史。
五宫中郎将线纯和太仆朱浮上奏建议：“按照礼法，作为人子，侍奉宗族嫡系大宗，要降低对自己亲生父母的尊奉。应当废除现在的四座亲庙，用先帝的四座庙来代替。”大司徒戴涉等人上奏“建立元帝、成帝、哀帝、平帝四座庙”。刘秀认为按照宗庙昭穆的顺序，自己应该是元帝的后代。
建武十九年（公元43年 癸卯年）
春天，正月庚子日，刘秀追尊宣帝为中宗。开始在太庙祭祀昭帝、元帝，在长安祭祀成帝、哀帝、平帝，在章陵祭祀舂陵节侯以下的祖先；在长安和章陵祭祀时，都由当地的太守、县令、县长侍奉祭祀。
马援斩杀了征侧和征贰。
妖贼单臣、傅镇等人聚集起来进入原武城，自称将军。刘秀下诏让太中大夫臧宫带兵围攻他们，多次攻打都没能攻下，还死伤了不少士兵。刘秀召集公卿、诸侯王询问计策，大家都说：“应该提高悬赏。”只有东海王刘阳说：“这些妖巫是互相挟持，势必不能长久，他们当中肯定有后悔想逃跑的，只是外面包围得太紧，跑不掉罢了。应该稍微放松包围，让他们能够逃亡，他们一逃亡，一个亭长就足以把他们抓住了。”刘秀觉得他说得对，马上命令臧宫撤除包围，放松对贼军的围困，贼众果然分散开来。夏天四月，攻下原武城，斩杀了单臣、傅镇等人。
马援继续进击征侧的残余党羽都阳等人，到居风后，都阳等人投降；峤南地区全部平定。马援和越人重新申明过去的制度来约束他们，从此以后骆越地区都遵循马将军制定的规矩。
闰四月戊申日，刘秀将赵、齐、鲁三公的爵位都晋升为王。
郭皇后被废后，太子刘强心里很不安。郅恽劝说太子：“你长时间处在容易被猜疑的位置，对上违背孝道，对下接近危险，不如辞去太子之位，去奉养母亲。”太子听从了他的建议，多次通过身边的人和各位诸侯王，表达自己诚恳的心意，希望能去藩国。刘秀不忍心，犹豫了好几年。六月戊申日，刘秀下诏说：“按照《春秋》的大义，立太子要立尊贵的儿子。东海王刘阳是皇后的儿子，应该继承皇位。皇太子刘强，坚守谦逊退让，希望去藩国，父子之间的感情深厚，实在不忍心违背他的意愿太久。就封刘强为东海王，立刘阳为皇太子，改名为刘庄。”
袁宏评论说：设立太子，是为了重视宗族传承，统一民心，除非太子对天下犯下大错，否则不应该更换。世祖中兴汉朝大业，应该遵循正道，为后世树立典范。如今太子的品德在外面并没有缺失，只是因为皇帝内宫宠爱的人多了，就更换嫡子的位置，这可以说是失误。然而东海王回到藩国后，谦恭的心意更加明显；明帝继承皇位后，对兄弟的情谊愈发深厚。虽然长幼位置互换，兴衰情况不同，但父子兄弟之间，真挚的感情没有隔阂。用夏商周三代的道德标准来衡量，又有什么能超过他们的呢！
刘秀任命太子的舅舅阴识代理执金吾，阴兴为卫尉，让他们辅导太子。阴识性格忠厚，在宫里虽然直言正谏，但和宾客交谈时，从来没提过国家大事。刘秀很敬重他，常常指着阴识来告诫皇亲国戚，激励身边的人。阴兴虽然礼贤下士，喜欢施舍，但家中没有结交游侠。他和同郡的张宗、上谷的鲜于裒关系不好，但知道他们有才能，还是称赞他们的长处并推荐他们做官；他的朋友张汜、杜禽，和他交情深厚，但他认为两人华而不实，只是私下给他们钱财，始终不替他们说话。因此世人都称赞他忠诚。刘秀任命沛国的桓荣为议郎，让他教授太子经书。刘秀到太学，召集各位博士在面前辩论经义，桓荣辨析经义明确清晰，每次都用礼义谦让使人信服，而不是靠言辞冗长压过别人，儒者们都比不上他，刘秀特别给予他赏赐。又下诏让儒生们唱雅歌、击磬，一整天才结束。刘秀让左中郎将汝南人钟兴教授皇太子和宗室诸侯学习《春秋》，赐给钟兴关内侯的爵位。钟兴以自己没有功劳为由推辞，刘秀说：“你教导太子和诸王侯，这不是大功吗？”钟兴说：“我的老师是少府丁恭。”于是刘秀又封丁恭，而钟兴坚决推辞不接受。
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