刚开始，殷浩刚去世，大司马桓温就派人送信吊唁。结果殷浩的儿子殷涓不回信，也不去拜见桓温，反倒天天跟武陵王司马曦混在一起。广州刺史庾蕴是庾希的弟弟，一直跟桓温不对付。桓温瞅着殷、庾两家势力太大，心里早就想收拾他们了。
辛亥那天，桓温让弟弟桓秘逼着新蔡王司马晃去西堂磕头自首，说自己跟司马曦和他儿子司马综、着作郎殷涓、太宰长史庾倩、掾曹秀、舍人刘强、散骑常侍庾柔等人合谋造反。皇帝听得直哭，桓温却把这些人全抓起来送进了廷尉府。庾倩、庾柔都是庾蕴的弟弟。
癸丑日，桓温杀了东海王的三个儿子和他们的母亲。甲寅日，御史中丞谯王司马恬顺着桓温的意思，请求按律处死武陵王司马曦。皇帝下诏书说：“这事儿听得我又伤心又害怕，实在不忍心听，更别说照做了！还是再好好商量商量吧！”司马恬是司马承的孙子。
乙卯日，桓温又上表死磕，非要杀司马曦，言辞特别狠。皇帝只好亲手写诏书给桓温：“要是晋朝气数还长，你就按我之前的诏书来；要是天要亡晋，我就给有本事的人让位置。”桓温看完吓得直冒汗，脸色都变了，只好上奏请求废黜司马曦和他三个儿子，把他们全家迁到新安郡。
丙辰日，新蔡王司马晃被废为平民，迁到衡阳；殷涓、庾倩、曹秀、刘强、庾柔全被灭族，庾蕴喝毒酒死了。庾蕴哥哥东阳太守庾友的儿媳妇是桓豁的女儿，所以桓温特意赦免了她。庾希听说出事，跟弟弟会稽王参军庾邈和儿子庾攸之逃到海陵的沼泽地里躲着。
桓温收拾完殷、庾两家，权势大得没边，侍中谢安老远看见他就下拜。桓温惊讶地说：“安石，你这是干啥呢？”谢安说：“没见过君主先拜，臣子在后头作揖的道理啊。”
戊午日，朝廷大赦天下，文武官员全都升了两级。己未日，桓温去白石，上书请求回姑孰。庚申日，皇帝下诏升桓温为丞相，还保留大司马职位，让他留在京城辅佐朝政；桓温坚决推辞，还是请求回镇守之地。辛酉日，桓温从白石回了姑孰。
秦王苻坚听说桓温废立君主，对大臣们说：“桓温之前在灞上打败仗，后来又在枋头输了，不知道反省自责向百姓谢罪，反倒废了君主来给自己找补，都六十岁的老头子了，干出这种事，还有脸在世上混吗！俗话说‘对着老婆发火，却对老爹甩脸子’，说的就是桓温这种人吧。”
秦车骑大将军王猛觉得自己掌管六州责任太重，跟秦王苻坚说，请求改派皇亲贤臣；就连府里的选拔事务也停了，想换个州去效力。苻坚回复说：“我跟你，论道义是君臣，论感情比亲骨肉还亲，就算是齐桓公、燕昭王有管仲、乐毅，刘备有诸葛亮，我觉得都比不上咱们俩。君主找人才的时候累，找到合适的人就轻松了。把六州托付给你，我就不用操心东边的事了，这不是给你特殊待遇，是我想图个清静。打天下不容易，守天下更难，要是用人不当，出了乱子，不光是我的忧虑，也是你的责任，所以我把朝廷高位空着，先让你镇守一方。你没明白我的心意，真让我失望。新政策等着人才推行，赶紧安排选拔的事；等东边治理好了，你再穿着礼服回朝廷。”还派侍中梁谠去邺城传达旨意，王猛这才继续处理事务。
十二月，大司马桓温上奏：“被废黜流放的人，应该远远打发走，不能让他们接近百姓。东海王应该按昌邑王的旧例，在吴郡建个宅子住着。”太后下诏说：“把他当平民，心里实在不忍心，可以特别封他为王。”桓温又上奏：“可以封海西县侯。”庚寅日，封东海王为海西县公。
桓温威震朝廷内外，皇帝虽然坐在高位上，却只能拱手沉默，老担心自己被废。之前，火星停在太微垣的端门，过了一个月海西公就被废了。辛卯日，火星逆行进入太微垣，皇帝心里特别忌讳。中书侍郎郗超当值，皇帝对他说：“性命长短我不在乎，就是不会再发生最近这种事了吧？”郗超说：“大司马桓温正忙着稳固国家，向外开拓，这种出格的事，我以全家百口人的性命担保不会再有。”后来郗超请假回家探望父亲，皇帝说：“替我给你父亲带句话，国家到了这地步，是我没能用道义匡扶，心里又愧疚又叹息，没法用言语表达啊！”接着吟诵庾阐的诗：“志士痛朝危，忠臣哀主辱。”说着就哭湿了衣襟。皇帝风度仪表很好，举止得体，喜欢读书，屋里灰尘满桌也不在意，神态安然。虽然神情恬淡，但没有济世的大谋略，谢安觉得他跟晋惠帝差不多，就是清谈比惠帝强点。
郗超因为桓温的关系，朝廷里的人都怕他。谢安曾经和左卫将军王坦之一起去见郗超，等了大半天都没轮到，王坦之想走，谢安说：“难道就不能为了小命再忍一会儿吗？”
秦国任命河州刺史李辩兼任兴晋太守，回镇枹罕。把凉州的治所迁到金城。张天锡听说秦国有兼并的打算，吓得够呛，在姑臧南边设祭坛，杀了牛、羊、猪三牲，带着官员们，隔着老远跟晋朝的三公结盟。派从事中郎韩博带着奏表和盟文，还给大司马桓温写信，约定明年夏天一起出兵，在上邽会师。
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