牢之带着军队驻扎在溧洲，手下参军刘裕提议去攻打桓玄，可牢之没答应。桓玄呢，派了牢之的族舅何穆去劝他：“从古到今，那些手握超强权势、立下超猛功劳的人，有几个能保全自己的？像越国的文种，秦国的白起，汉朝的韩信，都是给英明的主子效力，可功劳到手，不还是被杀了，更何况你现在是给桓玄这主儿干活呢！你要是打赢了，桓玄会觉得你威胁太大，可能灭你全族；打输了，你自己这一族也得玩儿完，你这咋整嘛！不如赶紧换个思路，跟桓玄合作，还能一直享受荣华富贵。你看古人，像管仲射了齐桓公一箭，勃鞮砍了晋文公的袖子，后来不也能辅佐他们嘛，桓玄跟你又没啥深仇大恨！”这时候，谯王尚之已经战败，大家心里更慌了，牢之还真有点听进去何穆的话，跟桓玄开始暗通款曲。
东海中尉何无忌，他是牢之的外甥，和刘裕一起拼命劝牢之别这么干，可牢之压根不听。他儿子刘敬宣也劝：“现在国家形势那叫一个危险，天下的关键就掌握在您和桓玄手里。桓玄靠着他爸他叔的家底，占了大半个南方，势力老强了。要是这次放他一马，等他威望立起来，再想收拾他可就难了，搞不好就跟当年董卓乱政一样啊！”牢之生气地说：“我能不知道嘛！拿下桓玄对我来说就跟翻个手掌一样容易。但问题是，收拾了桓玄，我咋跟骠骑将军交代啊！”
三月初一，牢之派刘敬宣去找桓玄投降。桓玄心里其实想弄死牢之，表面上还跟刘敬宣一起吃饭喝酒，摆出名书画跟他一起欣赏，就为了稳住他。刘敬宣没察觉到桓玄的心思，桓玄身边的官员都你看我我看你，直冒冷汗。桓玄还任命刘敬宣当了咨议参军。
这边元显本来准备出发，听说桓玄已经到了新亭，吓得赶紧弃船，退到国子学驻扎。三月二十七日，在宣阳门外列阵。结果军队里突然开始互相传，说桓玄已经到了南桁，元显一听，立马带兵想回宫。桓玄派人拿着刀在后面追着喊：“放下武器！”元显的士兵一下子全跑光了，元显骑着马逃回东府，就张法顺一人骑马跟着他。元显找他爸道子问该咋办，道子啥办法没有，就知道对着他哭。桓玄派太傅从事中郎毛泰把元显抓了送到新亭，绑在船前数落他的罪状。元显还狡辩：“都怪王诞和张法顺把我带沟里了！”
三月二十八日，恢复隆安年号，皇帝派侍中到安乐渚去慰劳桓玄。桓玄进了京城，假传圣旨解除戒严，自己掌握了朝廷各种大权，又是都督中外诸军事，又是丞相，还录尚书事，兼任扬州牧，同时管着徐、荆、江三州刺史，还拿着象征最高权力的黄钺。桓玄安排桓伟当荆州刺史，桓谦当尚书左仆射，桓修当徐、兖二州刺史，桓石生当江州刺史，卞范之当丹阳尹。
桓玄刚起兵的时候，侍中王谧奉诏去见桓玄，桓玄对他那叫一个客气。等桓玄掌权了，就任命王谧当中书令。这王谧是王导的孙子。新安太守殷仲文，是殷觊的弟弟，桓玄的姐姐是殷仲文的老婆。殷仲文听说桓玄打进了京城，直接弃了郡守的职位来投奔桓玄，桓玄让他当了咨议参军。刘迈去见桓玄，桓玄问他：“你不怕死啊，还敢来？”刘迈说：“像管仲射钩、勃鞮斩祛，加上我这事儿，不就三件了嘛！”桓玄一听挺高兴，也让他当了参军。
三月二十九日，有关部门上奏说会稽王道子整天喝酒放纵，还不孝顺，应该砍头，皇帝下诏把他流放到安成郡；元显、东海王彦璋、谯王尚之、庾楷、张法顺、毛泰这些人都在健康市场被砍头。桓修替王诞求情，王诞才被流放到岭南。
桓玄让刘牢之当会稽内史。刘牢之心里不爽：“刚开头就把我的兵权拿走，这祸事要来了啊！”刘敬宣请求回去劝劝牢之，让他接受任命，桓玄就放他走了。刘敬宣回去劝牢之偷袭桓玄，牢之犹豫来犹豫去，又把军队移到班渎，还偷偷跟刘裕说：“我打算往北去广陵找高雅之，起兵拯救国家，你能跟我一起不？”刘裕说：“将军你带着好几万精兵，说投降就投降了。桓玄刚得志，那威风传遍天下，现在朝廷内外人心都向着他，你觉得广陵能去得了吗？我打算回京口，重新当我的老百姓。”何无忌问刘裕：“我该咋办啊？”刘裕说：“我看镇北将军刘牢之肯定没啥好下场，你不如跟我回京口。桓玄要是老老实实当臣子，咱就跟着他干；要是他不安分，咱就一起收拾他。”
这时候刘牢之把手下官员都召集起来，商量着占据江北去讨伐桓玄。参军刘袭说：“最不应该干的事儿就是造反。将军你以前反王兖州，最近又反司马郎君，现在又要反桓公，一个人反三次，还咋在江湖上混啊！”说完扭头就走，其他官员也都跟着散了。刘牢之害怕了，让刘敬宣去京口接家人，结果刘敬宣没按时回来，刘牢之以为事情败露，桓玄要派人来杀他了，就带着手下往北跑，到了新洲，上吊死了。刘敬宣回来，都没时间哭，赶紧渡江跑去广陵。手下的人把刘牢之收敛了，把他的尸体运回丹徒。桓玄知道后，让人把棺材劈开，砍下刘牢之的头，把尸体扔在集市上示众。
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