永历九年五月初四，黎明。当第一缕曙光刺破南京城上空的硝烟时，这座千年古都正在经历着自弘光元年陷落以来最剧烈、也是最彻底的蜕变。仪凤门的失守，如同在坚固的堤坝上炸开了一个巨大的缺口，永历南征军的洪流，正沿着这个缺口，汹涌澎湃地灌入城内，席卷一切。
巷战在城市的每一个角落激烈进行。清军虽然败局已定，但残余的满洲兵和部分死硬分子，依旧依托街垒、房屋进行着绝望的顽抗。尤其是退守皇城（明故宫）的哈哈木、管效忠等人，将这里当成了最后的堡垒。然而，更多的汉军绿营兵和普通士卒，在永历军“只惩首恶，胁从不问”的政治攻势和绝对优势的军事压力下，或成建制地放下武器投降，或溃散逃亡。抵抗的强度，随着太阳的升高而迅速减弱。
李元胤入城后，立即在靠近仪凤门的一处高地上设立了前线指挥部，指挥各军分区清剿残敌，重点是尽快拿下皇城。他命令焦琏、周谌等部，采取“分割包围，重点打击”的战术，逐步压缩清军的生存空间。对于负隅顽抗的皇城，则调集重炮，猛轰宫门，并组织精锐部队，准备发起最后的总攻。
与此同时，随军的靖安司人员和部分随军文官，也开始迅速行动。他们张贴安民告示，宣布王师克复南京，永历监国不日将至；组织人手扑灭因战火引发的街市火灾；搜捕趁乱打劫的地痞流氓；更重要的是，寻找并保护城中的前明宗室、遗臣和重要的文化设施（如国子监、史馆等）。
城中百姓，从最初的极度恐惧，逐渐转变为巨大的惊喜和难以置信的狂喜。他们躲在家中，透过门缝、窗棂，看着身穿赤色号衣的永历军士卒纪律严明地沿街推进，听着那久违的、带着广西口音的“驱除鞑虏，恢复中华”的口号声，许多人泪流满面，跪地叩拜。十年了，整整十年！他们终于再次看到了王师的旗帜！
午后，皇城的战斗进入白热化。永历军的红衣大炮将午门轰开了一个巨大的缺口，“虎捷营”的勇士们冒着箭雨，蜂拥而入，与退守奉天殿的哈哈木亲兵展开了最后的白刃格斗。哈哈木自知不敌，挥刀自刎。管效忠试图化装逃跑，被士兵识破擒获。江南总督马国柱则在乱军中被杀。至日落时分，皇城内的抵抗基本停止。
五月初五，端阳佳节。南京全城的战火已基本平息。李元胤下令各军严守岗位，清理战场，统计战果，并派出快马，向尚在江北仪真大营的永历监国朱常沅报捷。
五月初十，朱常沅御驾在周瑞水师的护卫下，自仪真渡江，抵达南京城外。李元胤、沐涵率领文武官员及南京城内耆老代表，出城十里，跪迎圣驾。
当朱常沅的车驾缓缓驶入破损但已初步清理的聚宝门（中华门）时，整个南京城沸腾了！街道两旁，人山人海，百姓箪食壶浆，焚香跪拜，哭声、欢呼声、万岁声震天动地！“日月重开，大明万岁！”的呼喊响彻云霄。许多白发苍苍的前明遗老，穿着珍藏多年的旧朝衣冠，老泪纵横，颤巍巍地跪在道旁，迎接他们苦苦等待了十年的君王。
朱常沅端坐于御辇之上，望着眼前这座熟悉的、却又满目疮痍的帝都，望着道路两旁那些激动得近乎疯狂的百姓，眼眶也不禁湿润了。十年颠沛，十年浴血，多少忠魂埋骨他乡，今日，他终于回来了！虽然北京仍在虏手，中原尚未恢复，但收复南京，意味着大明法统的回归，意味着抗清大业取得了决定性的转折！
御驾直入皇城。尽管宫殿多有损毁，但奉天殿的轮廓依旧。朱常沅在文武百官和军民的簇拥下，站在殿前丹陛，沐浴在金色的夕阳余晖中。他面向北方，撩起衣袍，郑重跪拜，祭告天地祖宗。
随后，他转身，面向万民，声音洪亮而庄严地宣告：
“自甲申国难，神州陆沉，虏骑肆虐，十载于兹！赖天地祖宗之灵，将士用命，百姓归心，今克复金陵，再造邦家！此非孤一人之功，乃天下忠义之士，亿万华夏赤子，同心戮力之果！”
“自即日起，改南京为应天府，仍为行在！诏告天下，咸使闻知！”
“所有将士，论功行赏！阵亡者，优加抚恤！百姓捐税，概免三年！”
“望尔等臣工，同心同德，军民一体，驱除鞑虏，克复旧京，光复中兴！”
“千岁！千岁！千岁！” 山呼海啸般的声浪，再次席卷了整个南京城，宣告着一个新时代的开启。
南京的光复，如同在沉寂的夜空中点燃了最耀眼的火炬，迅速照亮了整个南中国。
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