李丰等人谋反一事被交给有关部门处理，夏侯玄、张缉、苏铄、乐敦、刘贤等人都被逮捕，押送到廷尉处。（《世语》记载：夏侯玄被押送到廷尉后，坚决不肯招供。廷尉钟毓亲自审讯夏侯玄。夏侯玄神色严肃地斥责钟毓说：“我有什么好招供的？你现在就像个负责审讯的令史一样来责问我，你要是想让我认罪，就自己写供词吧。”钟毓深知夏侯玄是名士，气节高尚，难以让他屈服，但案件又必须结案，于是在夜里替夏侯玄写了供词，使其与案件情况相符，写完后，钟毓流着泪拿给夏侯玄看。夏侯玄看了之后，只是微微点头。钟毓的弟弟钟会，比夏侯玄年轻，夏侯玄平时不与他交往。这天，钟会在钟毓审讯夏侯玄时，想要与夏侯玄套近乎，夏侯玄却毫不理会。孙盛的《杂语》记载：夏侯玄被囚禁期间，钟会想趁机与他套近乎，和他交朋友，夏侯玄严肃地说：“钟君，你为何如此逼迫我！” ）
廷尉钟毓上奏说：“李丰等人阴谋胁迫皇帝，擅自诛杀宰相，犯下大逆不道之罪，请求依法论处。”于是，公卿朝臣和廷尉共同商议，大家一致认为：“李丰等人都深受朝廷的特殊恩宠，掌管着重要机密。张缉身为外戚，有着皇后父亲的尊贵身份；夏侯玄作为世代重臣，也位列朝堂。然而，他们却包藏祸心，图谋叛逆，与宦官勾结，传授奸计。因为畏惧皇帝的威严，不敢公然谋反，便妄图要挟皇帝，肆意施展欺诈和暴虐的手段，谋划诛杀贤良的辅臣，擅自安排官职，想要颠覆京城，危害国家社稷。钟毓所判定的罪行都符合法律规定，应批准钟毓的判决并执行。”皇帝下诏说：“齐长公主是先帝生前疼爱的女儿，特赦免她三个儿子的死罪。”于是，李丰、夏侯玄、张缉、乐敦、刘贤等人都被诛灭三族，（《魏书》记载：李丰的儿子李韬，因为娶了公主，被赐死在狱中。 ）他们的其余亲属则被流放到乐浪郡。
夏侯玄气度宽宏，为人豁达。在东市被斩首时，他面色不改，举止从容，当时年仅四十六岁。（《魏略》记载：夏侯玄从西边返回京城后，便不再与他人交往，也不追求奢华的生活。《魏氏春秋》记载：当初，夏侯霸打算逃往蜀国，邀请夏侯玄一同前往。夏侯玄说：“我怎能为了苟且偷生，寄身于敌国呢？”于是便回到了京城。司马懿去世后，许允对夏侯玄说：“你不用再担忧了。”夏侯玄却感叹道：“士宗（许允字士宗），你怎么还看不清局势呢？司马懿还能以世交晚辈的身份对待我，可司马师、司马昭是不会容我的。”夏侯玄曾撰写《乐毅论》《张良论》以及《本无肉刑论》，文章言辞意趣高远，在当时广为流传。夏侯玄被逮捕时，卫将军司马昭曾流着泪为他求情，大将军司马师却说：“你忘了在赵司空葬礼上的事了吗？”此前，司空赵俨去世，大将军兄弟前去参加葬礼，宾客多达上百人。夏侯玄后来才到，众多宾客纷纷起身相迎，司马师因此对他心生厌恶。臣裴松之按：曹爽在正始五年讨伐蜀国，当时夏侯玄已担任关中都督，到正始十年曹爽被诛灭后，他才回到洛阳。根据《少帝纪》记载，司空赵俨在正始六年去世，这样一来，夏侯玄根本没有机会参加赵俨的葬礼。如果说夏侯玄是入朝期间参加葬礼，可无论是本纪还是列传，都没有相关记载。所以，这个说法近乎荒诞，并不属实。 ）
正元年间，朝廷为延续功臣的世系，封夏侯尚的从孙夏侯本为昌陵亭侯，食邑三百户，让他继承夏侯尚的香火。
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