在M国浣熊市核爆与永冻港危机后，全球对生化威胁的恐惧达到顶点。然而，保护伞公司与赤瞳公司的残余势力并未偃旗息鼓，他们在中东沙漠深处秘密重启了代号“沙暴”的计划——将T病毒与当地致命沙螨基因融合，培育出能在高温干旱环境中快速传播的“沙蚀病毒”。这种病毒感染者会蜕变为浑身覆盖坚硬甲壳的“沙虫人”，不仅能钻入沙地发动突袭，还能通过喷吐腐蚀性沙尘扩大感染范围。
林悦带领的反抗组织收到情报时，中东某石油城邦已沦为沙蚀病毒的重灾区。整座城市被黄沙掩埋，街道上蠕动着半人半虫的怪物，而地下的石油管道网络则成了病毒扩散的天然通道。更可怕的是，保护伞公司在城市中心的炼油厂建造了巨型“病毒蒸馏塔”，将感染者的血肉提炼成气溶胶，准备借助季风将病毒扩散到整个大陆。
潜入城邦的过程中，小队遭遇了赤瞳公司研发的新型生化兵器“烈日机甲”。这些装备着高温射线炮的战斗机器人，能将沙漠中的沙子瞬间熔化为滚烫的玻璃，所过之处寸草不生。在与机甲的交锋中，陈岩为保护众人，被射线灼伤腿部，行动严重受限。而小雨则在一座废弃实验室发现了惊人真相：沙蚀病毒的研发，竟是为了制造能“进化”特定人种的基因武器。
当小队逼近炼油厂时，塔内突然喷出遮天蔽日的黄沙毒雾。林悦的变异能力在高温环境下受到压制，却意外觉醒了“热能共鸣”——她能感知到方圆百米内所有热源的分布。利用这一能力，众人成功避开沙虫人的伏击，找到蒸馏塔的能量核心。但此时，保护伞公司派出的“死亡中队”乘坐武装直升机空降，他们不仅装备了反变异体武器，还携带了能将沙蚀病毒逆向强化的“黑沙药剂”。
生死关头，小雨破译了周薇遗留的加密文件，发现沙蚀病毒对低频声波极为敏感。陈岩冒险启动炼油厂的巨型声波装置，剧烈的震动让沙虫人痛苦嘶吼，外壳纷纷龟裂。林悦则趁机冲向蒸馏塔顶端，在能量核心过载前的最后一刻，将自身变异能力与声波共振，引发了一场足以摧毁整座建筑的能量风暴。
爆炸的火光中，林悦等人驾驶着改装越野车逃离城邦。然而，卫星图像显示，在他们身后，整片沙漠正在泛起诡异的紫色光泽——那是沙蚀病毒变异的前兆。更令人不安的是，反抗组织截获的暗网通讯显示，保护伞公司已将“沙暴计划”的核心数据卖给了神秘的跨国集团。林悦握紧方向盘，目光望向远方：“下一个战场，我们必须主动出击。”
沙漠城邦的硝烟尚未散尽，反抗组织的情报网络便捕捉到异常信号——太平洋某处神秘岛屿频繁出现保护伞公司的运输潜艇，卫星图像显示岛上矗立着巨型球形建筑，其表面布满类似鳃裂的结构，在潮汐涨落间吞吐着幽蓝的液体。林悦意识到，这可能是敌人为沙蚀病毒研发的“海洋版”变异载体。
当小队乘坐改装潜艇潜入岛屿时，深海的水压与未知危险双重压迫着众人神经。海底断崖处，数十具浸泡在黏液中的尸体突然睁开浑浊的眼睛——这些被称作“溺亡者”的变异体，皮肤已退化成半透明的薄膜，手指间生长出锋利的蹼刃，能在水中以惊人的速度穿梭。陈岩腿部的旧伤在高压下隐隐作痛，却仍精准射击，用特制的电击鱼叉暂时击退了怪物群。
岛屿内部的景象颠覆了所有人的认知。巨大的生物反应器中，数以万计的水母状囊泡漂浮在淡紫色培养液里，每个囊泡都包裹着人类胚胎——这些正是融合沙蚀病毒与海洋生物基因的“海渊计划”产物。更令人胆寒的是，保护伞公司与赤瞳公司的残余势力已与神秘的“深海议会”达成合作，这个由极端环保主义者组成的组织，妄图用病毒清洗人类，将地球归还海洋。
在通往核心控制室的通道中，小队遭遇了名为“利维坦幼体”的巨型变异生物。它形似章鱼与鲸鱼的结合体，触须布满吸盘状的腐蚀器官，张开的巨口能吞下整辆越野车。林悦在战斗中被黏液腐蚀了战甲，关键时刻，她的变异能力再次进化——通过接触海水，她能短暂操控水流形成屏障，甚至凝聚出尖锐的水刃反击。
当众人终于抵达控制中枢，却发现启动病毒发射的密钥竟是小雨的生物特征。深海议会的首领现身，此人戴着镶嵌珍珠的面具，声音冰冷：“威廉·柏金的血脉，将成为人类进化的钥匙。”原来，周薇当年叛逃赤瞳公司，正是为了执行这项“海洋复兴”计划，而小雨携带的特殊基因，能激活所有病毒胚胎。
倒计时开始后，岛屿底部的推进器缓缓启动——整座岛屿竟是一艘巨型生化航母，即将驶向人口密集的海岸线。林悦与陈岩分头行动，一个破坏能源核心，一个保护小雨。在最后的混战中，小雨强忍恐惧，主动接入系统，利用周薇留下的后门程序篡改了病毒指令。然而，这一举动激怒了深海议会首领，他注射强化药剂，变异成半人半鱼的怪物，利爪直取小雨咽喉。
千钧一发之际，林悦爆发全部力量，将海水压缩成透明的能量光束贯穿怪物躯体。岛屿在剧烈的爆炸中沉入海底，但在撤离时，陈岩为掩护众人，被坍塌的金属梁柱压住。他将逃生舱强行关闭，对林悦嘶吼：“活下去！找到病毒的源头！” 潜艇浮出水面的瞬间，身后的海面腾起巨大的蘑菇云，而林悦攥着陈岩遗留的警徽，眼中燃烧着复仇的火焰——深海议会的阴谋，以及保护伞公司的终极秘密，她发誓要全部终结。
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