对于已经失去了逃生机会的，在澎湖群岛上的九百荷兰士兵，明朝人自然不会给他们机会。
随着海战的获胜消息传入福建省巡抚南居益耳中，四月初七，他亲自乘船到金门，下令明军渡海出击收复澎湖。
抗倭名将俞大猷之子福建提督俞咨皋中将、守备王梦熊上校，率领兵船二百艘，总兵力一万人至澎湖，登陆白沙岛，与荷军接战。但两百余名荷兰军人在将领高文律的率领下，依仗坚固的工事与犀利的火炮进行顽抗，死战不降。
依靠红木建造的要塞炮楼坚致如铁，福建官兵的十二磅炮射程远远短于对方。最终在四月十二日，明军依靠缴获的盖伦船侧翼主炮的帮衬下，终于攻下了这座要塞，俘虏了荷兰官兵九十余人，击毙一百余人，荷兰将领高文律只身逃离。
四月下旬，南居益亲自督造的两门崭新的二十四磅重炮终于完工，并被迅速支援到了前线部队。这两门威力巨大的火炮宛如战神手中的利器，让明军士气大振。
随着这两门火炮的到来，明军如虎添翼，立刻发动了气势磅礴的总攻。他们排山倒海般地冲向敌人，一路上奋勇杀敌，锐不可当。很快，明军就成功地杀到了夷城下。然而，敌军也并非等闲之辈，他们凭借坚固的城墙和顽强的抵抗意志，与明军展开了激烈的拉锯战。一时间，双方陷入了僵持不下的局面。
五月初，又有一门二十四磅炮增援而至，这无疑给明军注入了一针强心剂。此时的明军毫不迟疑地对夷城发起了更猛烈的围攻。城内的荷兰人虽然拼死抵抗，但无奈弹药耗尽，粮草短缺，兵力也越来越少。最终，在走投无路之下，高文律率四百余名荷兰军人只得选择出城投降。
至此，这座曾经被荷兰侵略者占据长达三个多月之久的澎湖岛，终于重新回到了大明王朝的温暖怀抱。胜利的喜悦洋溢在每一个明军将士的脸上，而这场来之不易的胜利，离不开南居益的英明指挥以及全体官兵的浴血奋战。
获胜之后，巡抚南居益不敢有丝毫懈怠，第一时间就以八百里加急的速度向京师送去了捷报。
与此同时，南居益并未满足于眼前的胜利，而是趁热打铁，果断派出了以守备王梦熊为首的四千名精锐明军登上了台员岛。这支军队与从琉球火速赶来的袁承焕所率领的队伍相互配合，共同肩负起了攻略台员岛的艰巨任务，为下阶段福建百姓移民台员做前期的准备工作。
七月，王梦熊率领的四千名明军自澎湖岛出发，登陆台员岛南部。以袁承焕为主的琉球两千明军自琉球群岛出发，登陆台员岛北部。
一人自南向北，一人自北向南，开始了收复台员岛的行动。
占领澎湖岛的荷兰人压根就没有时间继续攻略台员岛，使得这座大岛并没有受到任何侵略，保持着他原有的神秘面纱。
在台岛北部，袁承焕抓住了一名逃难至此的福建百姓作为向导，逢山开路遇水搭桥，朝着台岛中部行去。
此时的台员岛幅员辽阔，正处于非常原始的时期。岛中不时的散落着古村落，这里的原住民甚少与沿海的逃难者接触，所以更多时候，语言不通的两族人一言不合就直接开火。
在明军先进的火绳枪的攻势下，仅装备了竹制弓箭的土着哪里会是对手。短短数日，两千明军凭借着犀利的火枪接连征服了三十余个村落，并将这些村落进行了登记造册。
八月，这伙明军终于在中部马芝遴地区碰到了有建制的抵抗。在台员中部广域的地区，散布着百余个村落，这些古村落生活着巴布拉人与猫雾捒人、巴则海人组成的一个跨族部落，部落首领自称为大肚番王。将部落称之为大肚王国。
敢在天朝上国的眼皮子底下自称国王，急于建功立业的袁承焕哪能容忍。
对于土着而言，不管你是荷兰人还是明朝人，都是侵略者。对于侵略者，土着百姓向来是不会客气的。于是语言不通的两族人爆发了激烈的对抗。
明军依仗着火器不断射杀胆敢反抗的土着，兵器、军力不占优势的大肚王国，在前期遭受了巨大损失之后，果断的采取了退入深山老林，与侵略者展开了游击战。
这一下子就彻底让初出茅庐的袁承焕头疼不已，粗通武略的他哪见过这阵仗啊。
白日间，土着往深山老林里一躲，明军压根连人毛都找不到。夜晚，当明军休息时，土着人就从老林中出来，投毒的投毒，敲锣打鼓骚扰明军的骚扰明军，各村落分工明确，搞得明军疲惫不堪，士气逐渐低落。
无可奈何的袁承焕只得烧了村落，撤兵回台岛北部沿海地区，派人前去台岛南部和琉球寻求增援。
而抗击侵略得胜的大肚王国仅是收复了失去的村落，并没有跨出中部地区去追击。于是双方平静的度过了两个月时间。
十月份，在得到台岛南部两千士兵，琉球一千士兵的增援之后，袁承焕领兵五千人马，直冲大肚王国而来。
这次他是有备而来，临近冬季，中部山区杂草树木干枯易燃，他采取了这个放火烧山的缺德办法，逼迫土着出山决战。
这一战法虽然缺德，但是效果明显，被逼无奈的大肚王国在一个夜深人静的深夜，率领着部落最后的一千余土着士兵，夜袭明军大营。
没成想，正中袁承焕的下怀，失去了有利地形保护的土着士兵哪里会是武装到了牙齿的明军的对手。当第二天太阳初升的时候，一千名土着兵除去几十人趁乱逃回身上，其余人连同大肚王国一起战死在了明军大营。
失去了保护的大肚王国百姓，终于在天启五年正月，集体出山向袁承焕的明军投降。
建国八十余年的大肚王国覆灭。
自此，台员岛土着大规模反抗明军的暴动彻底平息。天启五年四月，最后一个土着部落向明军投降，自此，台员岛正式并入了福建省，成为了该省的又一个府。
通过对全岛少数民族登记造册，全岛共有一万多男女老少土着，共有良田五万亩。
很快，朱由校兑现了自己的承诺，将台员岛命名为台湾府，由袁承焕出任第一任知府。
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