汉元帝初元三年至五年：王朝举措与边疆风云
初元三年（公元前46年）
春天，汉元帝下诏说：“珠厓的贼寇杀害官吏百姓，背叛朝廷，大逆不道。如今朝廷讨论此事，有人说可以攻打，有人说应该坚守，还有人想要放弃，大家的意见各不相同。朕日夜思考各位大臣的建议，如果觉得威严受损，就想派兵诛杀叛贼；要是犹豫不决、躲避困难，那就坚守并屯田；而如果能通权达变，就该担忧天下百姓。百姓的饥饿与远方蛮夷不被征讨，哪个危机更大呢？况且遇到灾荒之年，连宗庙的祭祀都无法完备，又怎么能去计较一些不那么严重的耻辱呢！如今关东地区极度困乏，仓库空虚，没有能力救济百姓，要是再发动战争，不仅使百姓劳累，灾荒之年也会随之而来。所以撤销珠崖郡，百姓中有仰慕朝廷仁义想归附内地的，就妥善安置他们；不想归附的，也不要强迫。”
夏天四月乙未日是月末，茂陵的白鹤馆发生火灾，汉元帝大赦天下。
这年夏天，发生旱灾。
汉元帝立长沙炀王的弟弟刘宗为长沙王。
长信少府贡禹上书说：“各个离宫以及长乐宫的卫士，可以裁减一大半，以减轻百姓的徭役负担。”六月，汉元帝下诏说：“朕想到百姓饥寒交迫，远离父母妻儿，在无益之事上劳作，在无人居住的宫殿守卫，这恐怕不符合调和阴阳的道理。撤销甘泉宫、建章宫的卫士，让他们回乡务农。各部门都要节省费用，把节省的情况逐条上奏，不要有所隐瞒。”
这一年，汉元帝再次提拔周堪为光禄勋，周堪的弟子张猛为光禄大夫、给事中，对他们非常信任。
初元四年（公元前45年）
春天正月，汉元帝前往甘泉宫，祭祀泰畤。三月，前往河东，祭祀后土神，赦免汾阴的刑徒。
初元五年（公元前44年）
春天正月，汉元帝封周子南君为周承休侯。三月，汉元帝前往雍城，祭祀五畤。
夏天四月，有彗星出现在参宿。
汉元帝采纳贡禹等儒生的建议，下诏太官不要再每天宰杀牲畜，所准备的膳食各减半；皇帝所用马匹，只要保证不妨碍正事就行。停止角抵戏，撤销上林苑中很少去的宫馆、齐地负责制作宫廷服饰的三服官、北假地区的田官、盐铁官、常平仓。博士弟子不设固定名额，以扩大求学的人数。下令百姓中能通晓一部经书的，都可以免除赋税徭役。还减省了七十多项刑罚。
陈万年去世。六月辛酉日，长信少府贡禹担任御史大夫。贡禹前后上书数十次谈论政事得失，汉元帝赞赏他质朴正直，很多建议都予以采纳。
匈奴郅支单于觉得自己离汉朝路途遥远，又怨恨汉朝拥护呼韩邪单于而不帮助自己，就刁难羞辱汉朝使者江乃始等人。他派使者前来进贡，顺便要求汉朝送回在汉朝做人质的儿子。汉朝商议派卫司马谷吉护送郅支单于的儿子回去，御史大夫贡禹、博士东海人匡衡认为：“郅支单于向往教化之心还不纯正，他所在的地方极其遥远，应该让使者把他儿子送到边塞就返回。”谷吉上书说：“中原与夷狄之间有保持联系不断绝的道义，如今已经抚养他的儿子十年，汉朝的恩德很深厚，如果就此断绝关系不送回去，只送到边塞就返回，这表示抛弃他不再收留，会让他没有归向汉朝的心意，抛弃以前的恩情，结下以后的仇怨，这样做不合适。议论的人看到之前江乃始没有应对敌人的办法，智谋和勇气都穷尽了，以至于遭受耻辱，所以预先为我担忧。我有幸能持强大汉朝的符节，秉承圣明皇帝的诏令，去宣扬汉朝深厚的恩德，他应该不敢胡作非为。如果他怀着禽兽之心，对我施加无道之举，那么单于将长久背负大罪，必定会远远逃走，不敢靠近边境。牺牲一名使者来换取百姓的安宁，这是国家的大计，也是我的心愿。我希望能把他儿子送到单于王庭。”汉元帝同意了。谷吉等人到达后，郅支单于发怒，竟然杀死了谷吉等人。他自知有负于汉朝，又听说呼韩邪单于日益强大，害怕遭到袭击，就想远走他乡。正好康居王多次被乌孙围困，他和各位翕侯商议，认为：“匈奴是大国，乌孙向来臣服于它。如今郅支单于在外面处境艰难，可以把他接到东边，让他联合兵力夺取乌孙并立为君主，这样就永远不用担心匈奴的威胁了。”于是派使者到坚昆，与郅支单于沟通。郅支单于向来恐惧，又怨恨乌孙，听到康居王的计策，非常高兴，就与康居结盟，率兵向西进发。郅支单于的部众在途中遭遇严寒，很多人死去，最后只剩下三千人。到达康居后，康居王把女儿嫁给郅支单于，郅支单于也把女儿嫁给康居王，康居王非常尊敬郅支单于，想依靠他的威望来威胁其他各国。郅支单于多次借兵攻打乌孙，深入到谷城，杀害掳掠百姓，驱赶牲畜而去。乌孙不敢追击，西边有五千里的地方都变得空虚无人居住。
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