空岛生态核心区的顶端，悬挂着维系两界生态平衡的“和谐钟摆”——它由千年古木为架、月光银石为锤，钟摆每摆动一次，就会向两界释放“生态调和能量”，让人类世界的四季更替、空岛的元素循环保持稳定。可如今，钟摆却彻底停止了摆动，银石锤悬在半空纹丝不动，钟架上雕刻的“万物共生图谱”开始褪色，原本清晰的动植物纹路变得模糊不清。
随之而来的是两界生态的剧烈失衡：人类世界出现极端天气，北方暴雪成灾，南方却持续干旱；空岛的元素区域混乱不堪，火焰谷的岩浆漫出边界，冰晶湖的湖水却莫名沸腾；两界交汇的“共生森林”里，植物疯狂生长遮挡阳光，动物因栖息地破坏而四处逃窜，连最温和的共生鹿都变得焦躁不安。生态守护者望着停止的钟摆，眉头紧锁：“和谐钟摆是生态平衡的‘定海神针’，它的摆动频率与两界的生态节律同频。如今钟摆停摆，生态调和能量中断，若不尽快重启，两界将陷入‘生态崩塌’的绝境！”
书葵抱着《空岛秘典》飞奔至钟摆下，指尖在“生态共生篇”快速翻阅，终于在一页夹着叶脉书签的书页上找到关键记载：“木为骨，石为心；节律合，摆自鸣。需找回散落在两界的‘生态调和碎片’，用‘万物协同的行动’修复共生图谱，方能唤醒钟摆，重释调和能量。”苏月的共生之针轻轻触碰钟架上褪色的纹路，针端传来一阵紊乱的生态回声：“水太多了……阳光不够……我们的家在哪里……”声音里满是动植物的绝望与无助。
阿提掌心泛起金黑光芒，感知着生态能量的紊乱轨迹：“生态调和碎片按‘生态系统类型’分为六类——‘森林生态’‘水域生态’‘草原生态’‘元素生态’‘城市生态’‘共生交界生态’，每类碎片都藏在被破坏最严重的生态区域，由该区域的‘生态守护者’（动植物中的特殊存在）守护着。”雏菊蹲在钟摆下方的生态草地上，绿色魔法光粒试图催生调和草，却发现草叶刚长出就因生态紊乱而一半枯黄一半焦黑：“只有让失衡的生态系统恢复协同运转，生态守护者才会交出调和碎片。”
林默举起相机，对着钟摆拍照，照片放大后，褪色的共生图谱上浮现出六处生态危机的画面：森林里树木过度砍伐导致鸟类无家可归，水域中垃圾堆积让鱼儿呼吸困难，空岛元素生态里火与冰的边界相互侵蚀……林溪从故事锦囊里掏出“生态罗盘”，罗盘指针分别指向两界的六个方向，每个方向都闪烁着生态调和碎片的微弱绿光：“这些方向就是生态危机最严重的区域，也是寻找碎片的关键。”
众人立刻分成六组行动：TOTO和林默负责“森林生态”，前往人类世界的落叶林，帮助恢复鸟类栖息地；阿提和雏菊负责“元素生态”，前往空岛的元素交界带，调解火与冰的冲突；书葵和苏月负责“水域生态”，前往人类世界的污染河流，清理垃圾并恢复水质；林溪和生态守护者负责“共生交界生态”，前往两界的共生森林，梳理过度生长的植物；饕龙负责“草原生态”，前往空岛的云草原，解决草食动物与植物的失衡问题；还有一组由空岛的自然精灵组成，负责“城市生态”，前往人类城市的公园，重建城市与自然的联结。
TOTO和林默来到人类世界的落叶林时，眼前的景象令人揪心：大量树木被砍伐，只剩下光秃秃的树桩，几只失去巢穴的喜鹊在树桩间焦急地盘旋，发出哀鸣。“我们得尽快为它们重建家园！”林默拿出相机，拍下树桩旁的一棵老橡树——这是森林里仅存的参天大树，树干上还残留着几个旧鸟巢。TOTO展开翅骨光翼，金色光粒吸引附近的人类志愿者赶来：“大家一起动手，用环保材料搭建人工鸟巢吧！”志愿者们带来树枝、干草和环保绳，在老橡树上搭建起一个个坚固的鸟巢。当一只喜鹊率先飞进新鸟巢时，树桩旁的泥土中浮现出一块绿色的“森林生态调和碎片”，碎片化作一道绿光飞向空岛的和谐钟摆，钟架上森林生态的纹路重新焕发生机。
与此同时，阿提和雏菊在空岛的元素交界带，正目睹火焰谷的岩浆与冰晶湖的湖水激烈碰撞，产生大量蒸汽，边界处的土地既被灼烧又被冻结，寸草不生。“火与冰的能量太失衡了，”阿提用金黑光芒在边界处筑起一道能量屏障，暂时阻挡双方的侵蚀，“必须找到两者的平衡点。”雏菊用绿色魔法催生耐极端温度的“冰火草”，种在能量屏障旁：“这种草能吸收多余的火与冰能量，调节边界的温度。”空岛的火精灵和冰精灵闻讯赶来，在阿提和雏菊的引导下，共同控制能量输出，让冰火草慢慢生长。当冰火草在边界处形成一片绿色的隔离带时，元素交界带的能量趋于稳定，火精灵首领交出了“元素生态调和碎片”，钟架上元素生态的纹路也亮了起来。
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