在完善神霄派的体系方面，林灵素在组织、经书、神仙体系、科仪等各方面都做了很多工作，前面已经讲了很多了，不再赘述，当然了，这方面王文卿也有贡献。
在经书建设方面，林灵素规定了神霄派基本的大经和小经，大经是《黄帝内经》和《道德经》，小经是《庄子》和《列子》，这些都是经典，毋庸多言。其他经书还有《天元玉册》《神霄录》《集成玉篇》《雷书》《归正议》等等，对了，还有一部蔡京负责刊印颁行的《玉婴神变经》，全称是《高上玉清神霄真王说太一保胎婴神变妙经》，这是一部佛道兼融的经书，讲了宇宙生成观和内丹功法等很多内容。
林灵素自己还创作了很多经书，如《神霄金火天丁大法》《金火天丁神霄三气火铃歌》《金火天丁凤气紫书》《金火天丁玉神解关云篆》《金火天丁摄召仪》《金火天丁阳芒炼度仪》《金火天丁召孤仪》《正一牛神灵官火犀大仙考召秘法》等。北宋末年的《高上神霄宗师受经式》中记载了神霄派有七十余部道书，范围包括经、斋醮、科仪、符箓等，而且自称还有秘而未传的宝经一千二百卷。神霄派用的最多的一部经书是《玉清神霄秘箓》，被神霄派道士们视若至宝，每次讲授的时候，“会者八百”，盛况空前。从这些经书上看，也基本上满足了一个教派的所需了。
在神仙体系方面，林灵素设计得也非常不错。玉帝或称天帝、上帝是最高神，加上他的八个儿子，当然了，徽宗是老大，这个是林灵素最成功设定，他们分别管理九霄，一人一霄正好。据《高上神霄玉清真王紫书大法》记载，八子及八霄如下：
长子神霄玉清王，掌神霄玉清天；
次子青华大帝君，掌青霄好音元真宝耀天；
三子蓬莱灵海帝君，掌碧霄开虚传度天；
四子西元大帝君，掌景霄至妙变空天；
五子东井大帝君，掌玉霄天；
六子清都大帝君，掌琅霄六开传济天；
七子清霄大帝君，掌紫霄双开化身天；
八子中皇大帝君，掌太霄流光变景天。
当然，这父子九位是九霄的大老板，不，应该是领导神，下面还有一系列手下，比如负责雷、生死、福祸等业务的神霄九师等等，林灵素同样想得周到，一一作了设定。
在宫观里面，这些诸神排列也是有讲究的，陆游的《老学庵笔记》中也基本上是参照这部经书描写的，天帝差不多就是太上皇了，一般不用管具体的业务，八个儿子则是以老大老二为尊，其他按次序排列，然后就是下面的诸多手下各路神灵，有的有资格被塑像，当然了，多数则是干脆直接画在墙壁上。
一般在神霄宫的侧殿，还会供奉一位叫韩君丈人的仙人，他是林灵素为了进一步融合儒家而安排进神霄派中来的。当时有一位叫刘栋的儒士，说遇见了一个自称是韩君的仙人，给了他一粒仙丹，这就是着名的“剥取丹”，传说中吃完了还会再生出一粒来。后来刘栋就把仙丹进献徽宗，可是徽宗没敢吃，可能是叶公好龙吧。
林灵素知道以后，说这位韩君可是大大滴有来历，他就是韩君丈人，又叫可韩丈人，他是上帝的首相，实际上是辅佐帝君的仙人，所以从此以后，这位韩君丈人正式加盟神霄派，加封为“太乙救苦天尊可韩丈人”，他在神霄派的神仙体系中的，地位仅次于青华大帝君，还在另外六个帝君之上。
那么这位韩君丈人到底是什么来历呢？
不知道道友们还有没有印象，在第一篇讲到秦始皇的时候，徐福不是一去不回了吗，秦始皇就又找来了几个方士，其中有一个叫韩终的，他就是这位韩君丈人。道教界并没有忘记他，据说他寻来了仙药，但秦始皇没有吃，于是他自己吃了就成仙了。后来赵高学了他的丹法后，水火不浸，两汉时也有他的传说，并逐渐被神化，比如官方为他修建祀韩馆，民间也有刘根、黄景华遇到他而成仙的故事，而韩终的丹法葛洪、陶弘景也曾经提到过。南北朝时期，韩终转正成为了神仙谱系中的一员，张君房在《云笈七签》中也专门讲到了黄景华得到韩终丹法而成仙的事情。到了元代以后，韩终被分配到掌管幽冥、生死的岗位上工作了。对了，《西游记》第五十一回中也有他也亲情出演，就是太上老君的青牛带着金刚琢下界那一段，孙悟空上天宫求助，就是这位可韩丈人真君负责查询是哪位仙人下界的，有兴趣的道友可以翻翻。
此外，《高上神霄玉清真王紫书大法》里还包括了大量的科仪等诸多方面的内容，科仪斋醮，林灵素设计得是大场景、大制作，规模宏大，场面庄严，尽显道家的威仪，细节就不详细说了。
具体节日、斋会的时间设计上，主要包括了二月十五日的老子降圣的贞元节，八月九日的青华帝君过生日的元成节，十月十日徽宗生日那天是天宁节，十月二十五日的天符节。每当节日，道士们会“诵都咒千遍，吞二十一符”，向四面八方的各路神仙上三香，行九拜大礼，如此等等吧，也是相当繁杂的。
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