对于司农院要求大量增加州县仓储的要求，朱载坖也予以了否决，朱载坖的看法其实是很简单的，州县的仓储过于零散，朝廷的监管其实是很难的，尽管朝廷派遣的巡按御史、巡仓御史等加以监察，同时将地方布政使司中管理常平仓的衙门予以单独列出，成立了提举盐茶常平公事司，但是对于州县官吏来说，指望他们奉公守法，完全不去动州县的常平仓和备荒仓，难度着实有些大，所以朱载坖认为，应该在一些通衢要地，建设由司农院直接管辖的大型备荒仓，囤积大量的粮秣，由朝廷直接管理和控制。
这样的话，就建立起朝廷-区域仓储备荒-州县常平仓、备荒仓的三级储备体系，州县常平仓、备荒仓主要是用于小型的灾荒和平抑小范围的物价波动，而应对大规模的灾荒，主要是依靠朝廷在区域所配置的大型仓储机构，京通仓则是朝廷的最后一道保险了，是朝廷赖以救济波及数省的大规模灾荒所用的最后仓储了，是朝廷绝对的最后一道保险。
所以朱载坖要求司农院和工部商定具体的仓储地点，经过司农院和工部的商量，决定在开封府、沈阳府、太原府、兰州府、西安府、应天府、武昌府、成都府、广州府配置朝廷的区域性备荒仓，同时也要调整这些仓储结构和制度，这些储备粮食的仓库，最怕的就是潮湿，这些粮食，都是灾年时赖以救命的粮食，所以在朱载坖的要求下，对于这些大型备荒仓，从选址到建设都必须极为谨慎。
仓储必须在高燥之处为防止内涝和潮湿，粮仓大多选址在地势较高的地方，或人工夯土筑起高台。诸仓窑，皆于城内高燥处置之，同时对于这些木板等，要用沥青或者是煤焦油加以防腐防潮处理，保证存粮不能受潮。
同时对于这些存粮，也要加强管理，带外壳的原粮耐储，不宜腐烂变质，也便于储存，这点是多年来的经验，而除此之外，就是轮换制度，唐宋时期规定，粟藏九年，米藏五年；下湿之地，粟藏五年，米藏三年，皆着于令。司农院也根据现在大明的实际情况，要求常平仓原则上每年销售1/3的库存粮食，仓内有不宜存陈粮时，可提高出售比例。
而且对于常平仓中所储备的粮食种类，朱载坖也要求进行详细的规定，除了用作食用的粮食及其制品之外，还有就是种粮，除了各种的粮食作物之外，还有各种备荒作物的种子，这些也是朝廷应对灾荒的重要手段，朱载坖对于荒政是极为重视的，所以仓储是朱载坖特别重视的一件事情。
除了大规模的储备粮食之外，朱载坖还命令要大规模的储备干粮，官军在近期的征战之中所食用的成品干粮，由于极为干燥和有大量的糖和盐，耐储存，是官军在外征战的重要的装备之一，朱载坖命令在朝廷的各个仓储之中也要储备这种干粮，同时要做的更干，更硬，才能够保证能够应对长时期的储存，这种干粮只要储存的条件合适，比之粮食要更加耐储存一些。
还有就是西洋的所谓硬饼干，这些玩意是西洋水手们在船上的主要食物，这种用面粉、水，偶尔也加点儿盐烤制的硬面饼历史悠久，据说要追溯到西洋千年之前。由于烤制之后缺乏水分，可以久藏不坏，所以一直是航海的人们必备口粮，水手们一般称之为“船饼干”、“海饼干”或“海面包”，当然还有更动听的名字——“铁皮饼干”。这种不经发酵的烤死面饼子热量和蛋白质水平相当不错，还含有人体所需的一些维生素，成本低廉，制作工艺也很简单，适合大批量生产，作为大兵们的口粮非常合适，数百年来一直是西洋军队的主要食物。
通常情况下硬面包往往经过四次烘烤，到最后脱去水分的硬面包跟用面粉做成的砖头差不多，“铁皮饼干”的名声真不是吹出来的。结实的硬面包对于牙齿是个磨难，但是这种东西有一个很大的好处，就是没什么水分的硬面包在干燥的条件下几乎可以无限期地保存下去，制作也简单，所以朱载坖也命令在北方将收储的小麦加工，制成这种硬饼干，然后密封保存起来，一来是作为官军作战时的应急口粮，二来就是应对灾荒，毕竟这种东西只要不受潮，储存期限是很长的。
所以对于各地的仓储，防潮就是最重要的事情的，不仅仅在建设这些仓储设施的时候要考虑到防潮，更加要在后续的储存之中保证防潮，之前大明用于防潮吸湿的主要是生石灰，但是一斤生石灰只能吸水三成，而且遇水反应释放大量热量，接触皮肤或眼睛可致灼伤，其生成的粉末状熟石灰吸入后可能引发咳嗽、呼吸困难，对于朝廷仓储并不利。
但是格物院已经发现了新的防潮药剂，就是钙盐，就是熟石灰和盐酸反应生成的氯化钙，一斤的氯化钙可以吸收三斤水，而且可以重复使用，对于朝廷来说肯定是极为好用的，所以朱载坖命令大量生产钙盐，以供朝廷仓储防潮使用。
而这次除了这些衙门的请款之外，朱载坖对于文思院和格物院也要上报自己的预算，之前这两个衙门都是朱载坖用内帑养起来的，所有的开支都是直接由内帑支出的，但是这次朱载坖要求他们也要拟定一个请款奏疏来，让户部批钱，多少无所谓，但是这是一个重要的信号，因为不管是文思院还是格物院，虽然是朱载坖一手组建起来，并且用内帑开支的机构，但是他们是大明朝廷的正式机构，必须要户部开支才行，他们不是内廷衙门，这点是很清楚的，通过请款来确定这两个衙门的属性，这也是很重要的目的。
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