凌采臣帮余小倩转世后，怀着无尽思念继续漂泊。一日，他走进一座寺庙暂歇，却撞见神色慌张的傅青璃、傅月娇姐妹和她们的父亲。交谈中得知，傅家因不满朝廷奸臣当道，仗义执言，竟被污蔑为乱党，遭官兵追杀，只能四处逃亡。凌采臣心生怜悯，又忆起往昔与小倩共度的患难时光，当下决定相助，带着他们逃到一座破庙。
破庙中蛛网横生、阴森寂静，几人刚喘口气，夜幕便悄然降临。突然，破庙外传来阵阵诡异的呼啸，紧接着一群身形扭曲、面容狰狞的妖物破门而入，正是树妖姥姥的手下。这些妖物张牙舞爪，瞬间将众人团团围住。凌采臣握紧手中书卷，那是他在兰若寺时燕赤霞所赠，上面记载着一些降妖之法；傅青璃和傅月娇虽为女子，却也毫不畏惧，各自抽出短刃防身；她们的父亲虽年迈，眼中却透着坚毅。
一番激烈打斗后，凌采臣发现这些妖物行动间竟带着与朝堂相关的神秘指令痕迹，心中一惊，意识到此事绝不简单。在击退一波攻击后，他故意引着一只妖物逼问，才得知背后主使与朝廷中的国师有关。原来，国师心怀不轨，利用妖术迷惑皇帝，把控朝政，还暗中豢养妖怪，妄图修炼邪术，以达长生不老、掌控天下的目的。
为了揭露国师的阴谋，拯救天下苍生，凌采臣与傅青璃等人商议后，决定前往京城。一路上，风餐露宿，危机四伏。一天，他们在山林中遭遇一伙强盗，强盗们见傅家姐妹美貌，欲行不轨。危急时刻，一个爽朗的声音传来：“光天化日，竟敢如此放肆！”只见一位身着道袍，手持拂尘的年轻道士出现，三两下便将强盗击退。此人名叫知秋一叶，是燕赤霞云游时收下的徒弟，虽道法尚未大成，但为人古道热肠，听闻众人要去京城揭露国师阴谋，便决定同行相助。
终于抵达京城，城中表面繁华热闹，实则暗流涌动。几人多方打听，得知国师正在筹备一场盛大的法会，据说要为皇帝祈福，庇佑江山社稷。凌采臣等人却敏锐察觉，这场法会恐怕就是国师完成邪术的关键。法会当日，他们乔装打扮，混入人群。只见法坛之上，国师身披华丽道袍，念念有词，周围的信徒们虔诚跪拜。然而，随着法会推进，空气中渐渐弥漫起一股诡异的气息，天色也逐渐暗沉，隐隐有血光闪现。
凌采臣等人找准时机，突然发难，冲向法坛。国师见状，恼羞成怒，露出狰狞面目，瞬间化作一只巨大的蜈蚣精，张牙舞爪地扑向众人。蜈蚣精的每一次攻击都带着强大的妖力，所到之处飞沙走石。凌采臣想起燕赤霞传授的法术，与知秋一叶配合，以符咒和剑气牵制蜈蚣精；傅青璃和傅月娇姐妹则从两侧攻击，试图寻找蜈蚣精的弱点。一时间，法坛周围火光冲天，喊杀声、法术碰撞声不绝于耳 。
凌采臣将余小倩的故事写成书卷在民间流传后，却因书中暗指朝廷腐败，被官府通缉，被迫踏上逃亡之路。在暴雨倾盆的荒野中，他意外闯入一座看似荒废的驿站，驿站内竟亮着昏黄的油灯，桌上摆着未动的酒菜，空气中漂浮着若有若无的腐臭味。
还未等他细究，驿站深处传来锁链拖拽的声响，几个身披蓑衣、面容惨白的“驿卒”缓缓走出，空洞的双眼直勾勾盯着他。凌采臣正要逃走，却见这些驿卒突然化作黑雾，凝成一张巨大的网将他困住。千钧一发之际，一道凌厉的剑光劈开黑雾，救下他的正是女扮男装、奉命追查父亲失踪案的傅青璃。而傅青璃的妹妹傅月娇，此刻正躲在暗处，用自制的火药弹震慑着残余妖物。
两人表明来意后，凌采臣发现傅青璃父亲失踪前最后奏折，正是弹劾国师普度慈航以修建道观之名，强征民夫炼制邪器。更诡异的是，那些失踪的民夫，在当地县志记载中竟都成了自愿“羽化登仙”之人。三人顺着线索追查，在一座道观遗址下，发现了数以百计的陶罐，每个陶罐里都浸泡着面色青紫、浑身布满蜈蚣状纹路的尸体。
正当他们震惊之时，大地突然剧烈震动，道观废墟中升起一座金光璀璨的法坛，普度慈航身披九爪金龙道袍，脚踏七星法步，缓缓现身。他随手一挥，那些尸体竟从陶罐中爬出，组成尸兵军团。凌采臣发现，这些尸兵行动的轨迹，与当年兰若寺树妖操控的鬼卒如出一辙。
逃亡过程中，三人偶遇了正在降妖的知秋一叶。这位燕赤霞的徒弟看似玩世不恭，实则心怀正义，他展示出燕赤霞留下的降妖图鉴，其中赫然画着一只千年蜈蚣精——此妖擅长以功德之名蛊惑人心，每逢乱世便化身国师，以活人血肉炼制“长生丹”，而炼制成功的标志，正是天空出现血色祥云。
众人赶到京城时，恰逢普度慈航为皇帝举办“封禅大典”。整个皇宫被妖雾笼罩，御林军的瞳孔泛着诡异的紫色，如同行尸走肉般守卫各处。当普度慈航摘下道冠，露出头顶密密麻麻的触须，彻底现出修行千年的蜈蚣精真身时，其庞大的身躯竟将大半个皇宫都笼罩在阴影之下，它张开布满獠牙的巨口，扬言要将整个京城化作炼丹炉，场面恐怖至极 。
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