紧接着，刘备又身患重病的消息传出，汉嘉郡（郡治汉嘉县，今四川名山北）太守黄元，见有机可乘，便举兵据城反叛。当时，诸葛亮尚来不及发兵平叛，就赶赴永安去照料刘备了。
黄元听闻诸葛亮不在成都，觉得“成都单虚”，便“遂无所惮”，不仅攻占了蜀郡临邛县（今四川邛崃），还放火烧毁城池。一时之间，成都城内人心惶惶，震动不已。
就在这紧要关头，年轻的刘禅展现出了他并非全然无知的一面。他采纳了益州治中从事杨洪的建议，迅速调集京城内的亲兵，交给将军陈智，让其进兵讨伐黄元。
最终，黄元兵败，顺流逃投向孙权，却被自己的亲兵擒获，“生致成都斩之”。虽然此次平叛，谋主是杨洪，统兵的是陈智，但最终做出“决断”的，却是身为太子的刘禅。从这件事可以看出，“刘阿斗”并非对政治、军事之事全然懵懂无知。
刘禅即位之后，以父礼侍奉诸葛亮。史书之上，清晰地记载着当时的情景：“祭由寡人，政则葛氏”。蜀汉的一切内外方针，无论大小，“政事无巨细，咸决于亮”。
蜀汉一直以两汉正统自居，其官职制度也大多继承两汉，而在两汉的官制体系中，丞相的权力是非常大的。
章武元年（221），诸葛亮就已经被拜为丞相。刘备去世后，作为蜀汉的首辅大臣，诸葛亮“开府治事”，组建起了以丞相为首的“责任内阁”。
这个“责任内阁”，拥有独立的行政僚属机构，具备人事任免的权力，能够依照皇帝的命令，独立地行使职权。
僚属们分别管理着各个部门，诸如蜀汉政权中的军师祭酒、前后军师、长史、司马、主簿、参军、行参军、东曹掾、西曹掾、仓曹掾、令史、记室、门下督等，这些部门与机构，都与丞相府的职能紧密相连。
章武二年（建兴二年），诸葛亮又兼任了空置数年的益州牧。说起来，蜀汉实际统治的地域，其实只有益州之地，益州的汉郡与中央机构几乎是重叠的。
刘备入蜀之后，曾自领益州牧，他称帝之后，益州牧之职便一直空缺着。刘禅称帝后，虽有李严为镇东将军（今甘肃一带）牧、李恢领交州（今岭南及越南北部）刺史之类的州职任命，但这些都只是虚职遥领，并无实际的管辖权力。
而蜀汉政权实际统治的益州，其州级建制在很长一段时间里却是虚缺的。
这背后的原因其实很简单，皇帝自己不便再担任一个属于下属的官衔（历史上大约也只有明成宗曾封自己为“镇国公总戊军务威武大将军总兵官”）。
可要是将益州牧的职务交给其他人，又担心其州职权重，容易出现“震主之虞”。
不过，在政治层面上，不设置益州牧，也带来了一些消极的影响。这很容易让人产生一种感觉，仿佛蜀汉就是益州，益州就是蜀汉，给人一种偏安一隅、割据自保的印象，从而对兴复汉室的伟大事业产生消极的影响。
诸葛亮恢复益州的州级建制，其深意就在于宣示：区区益州，不过是大汉帝国天下十三州郡中的一个罢了。以此来表明，蜀汉在巴蜀的统治，并非是割据一方，而是大汉正统的延续，是为了兴复汉室而存在的。
诸葛亮以丞相的身份兼领益州牧，其背后有着深刻的道理。
这就如同日后东南朝的习尉，以辅政大臣的身份兼领扬州刺史一般，因为扬州是京畿所在，人口众多、财赋集中。在三国时代，“牧”的权位又比“刺史”更重，拥有行政与军政两方面的巨大权力。
诸葛亮身兼丞相与益州牧，蜀汉的权力自然就集中到了他一个人的手中。
换句话说，后主刘禅作为蜀汉政权名义上的君主，并不拥有对军国大事的最终决策权，统治的决策与实施大权，实际上掌握在丞相诸葛亮的手中。
不仅如此，建兴五年（227），诸葛亮在北伐的前夕，临行之前呈上了《出师表》。在这篇流传千古的表文中，诸葛亮对蜀汉的军事事务做出了通盘的规划，明确规定了后主刘禅不得干预的职权界限。
在人事安排方面，诸葛亮恳切地要求后主“亲贤臣，远小人”，不能因为自己是一国之君，就在京城为所欲为。当诸葛亮离开成都，前往北伐前线之后，他的权力并没有移交给后主刘禅，而是由蒋琬等人接替。
诸葛亮还升董允为侍中，“领虎中郎将，统宿卫亲兵”，并嘱咐刘禅，“宫中之事，事无大小，悉以咨之”。
此外，诸葛亮在《出师表》里还提到了一句至关重要的话：“宫中府中，俱为一体”。这句话的深意，在于希望通过宫（皇宫，代表皇帝及宫廷事务）与府（丞相府，代表政府及行政事务）之间的协调配合，来保证行政的顺畅运行。
宫、府的分治，其根源可以追溯到汉武帝时期的内朝与外朝之分。汉宣帝曾以内朝凌驾于外朝之上，让丞相如同仆从一般。
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