同时实施直隶府制度，对于一些重点地区，要有朝廷直接管理，知府可以直接向朱载坖密疏上奏，同时知府也从正四品升格为从三品，朱载坖在和吏部等衙门商量了之后，决定以天津府、苏州府、松江府等九府率先直隶，作为朝廷的试点，直隶府的赋税钱粮刑名等机构都比原本要庞大一些，而且直接向朝廷相关衙门负责，不受地方布按二司的负责，这样方便朝廷直接掌握一些关键地方。
而朱载坖现在最关心的自然还是西域的战事的，在开春之后，直到四月份朝廷才再次和庭州取得联系，李成梁牢牢守住了庭州，在经略西域吴兑和征西副将军麻贵的指挥下，官军大举修复车师古道，向庭州转运援兵、粮秣和各种物资、器械，李成梁也在积极修复庭州的相关城防设施，同时接纳屯垦卫所，开始在庭州屯垦，为官军提供粮秣。
同时兵部尚书、经略西域兼安西大都护吴兑向朱载坖上疏，他认为朝廷现在对于回教的策略应当予以变更，应该是“不论汉、回，只辨良、匪。”现在朝中的很多重臣对于回教都是极为防范的，甚至是深恶痛绝的，尤其是陕甘出身的官员们，以右都御史温纯为代表，他们就认为“秦中士大夫恨回至深，言及回事，必云尽杀乃止。”
但是现在回教已经在西北扎根了，要想彻底清除，是不太现实的，对于朝廷来说，现在重要的是收复西域，至于回教的事情，可以另行议处，不可操之过急，吴兑在奏疏中称：“即如汉回争哄，致成浩劫，力主剿洗，万口一声，生心害政，实由吠影吠声致然。一本天地父母之心待之，必使各得其所，各遂其生，自然感孚侠洽，无有自外生成阻我声教者也。修其教，不易其俗，明其政，不异其宜。”
同时西域的现状是互相杀戮，视屠城、血洗为常事，而朝廷兴仁义之师，吊民伐罪，务必要严肃军纪，以争取西域的民心，吴兑在奏疏中说道：““以爱民为第一要义，庶成仁义之师，爱民则造福，扰民则造孽。用兵之道，纪律为先；驭将之方，赏罚为要。”
要严肃军纪，争取民心，同时在西域要屯垦戍边，在西域征战，重点是控制关键的节点和道路，除了现在已经被官军所控制了车师古道之外，乌孙古道也是极为重要的，乌孙古道北衔准噶尔盆地，南控塔里木绿洲，是贯通天山南北的咽喉，历史上许多游牧民族都要争夺这块宝地。公元前的汉武帝为了对抗匈奴而与乌孙结盟；隋唐时期西突厥控制天山统治塔里木盆地；唐代西征突厥及与突骑施的交好等，都是通过乌孙古道来实现的。
当年原来生活在河西走廊的乌孙族，由于匈奴族的诱逼西迁，沿着一条鲜为人知的通道进入天山腹地的伊犁河谷，赶走了同样因为匈奴驱逐而迁移到这里的大月氐人，从此在这块肥沃的河谷草原上繁衍生息，人畜兴旺，成为当时西域三十六国中最大的国家――乌孙国。据有关文献记载，当年乌孙人西迁所走的通道就是这条道路。
而朝廷现在最重要的就是控制伊犁河谷地带和整个天山，然后将天山作为朝廷分割西域的刀子，然后在实施朝廷的先北后南战略，所以要控制这些道路为朝廷所用，同时也需要大量的工程兵修建道路，为朝廷控制西域提供条件，除了乌孙古道之外，还有夏塔古道，也是非常之重要的。
夏塔古道是古代丝绸之路上最为险峻、高危的一条着名古隘道，又名唐僧古道，夏塔古道翻越天山主脊上哈塔木孜达坂，沟通天山南北，全长二百四十里，乃是伊犁通南疆的捷径，也是日后官军由南向北的一个重要的通道。
同时对于西域众多的势力，朝廷的打击也需要有区别的，朝廷打击的重点自然是放到了瓦剌部上来的，作为现在西域实力最强大的部落，瓦剌部在接受了鄂尔多斯部和土蛮部的残余势力之后，现在实力空前强大，在西起巴尔喀什湖，北越阿尔泰山，东到吐鲁番，西南至吹河、塔拉斯河的广大地区上都由瓦剌各部活动的踪迹，朝廷的首要打击对象就是瓦剌部。
同时现在的瓦剌部也有了一些新的动向，瓦剌在长时间发展中分化为准噶尔、杜尔伯特、和硕特、土尔扈特四大部以及依附于杜尔伯特的辉特部。现在杜尔伯特部的实力相对比较强大，杜尔伯特先后征服哈萨克和吉尔吉斯，在额尔齐斯河中、上游逐渐形成了一个以达赖台什为首的瓦剌集团——卫特拉联盟。
现在对于大明威胁比较大的就是准噶尔和和硕特部，准噶尔部又名绰罗斯部，因该部和杜尔伯特部的首领同姓绰罗斯而得之，初游牧于额尔齐斯河中上游至霍博克河、萨里山一带，后以伊犁河流域为中心，游牧于巴尔喀什湖以东、天山以北的伊犁河流域。杜尔伯特部游牧于额尔齐斯河沿岸。土尔扈特部原游牧于塔尔巴哈台及其以北，西徙后，辉特部居之。和硕特部游牧于额敏河两岸乌鲁木齐地区。四部结成松散的联盟，以和硕特部的首领为盟主。
对于朝廷来说构成现实威胁的就是和硕特部，他们的住牧地和庭州很近，直接对朝廷构成了威胁，同时吴兑和李成梁也上疏，请求发兵驱逐和硕特部，占据额敏河流域，在此地兴修城池，为朝廷控制西域的枢纽，因为这里有河流，水草丰美，便于朝廷屯垦，同时地形也有优势，三面环山，北部平原开阔。东部有博格达山、喀拉塔格、东山；西部有喀拉扎山、西山；南部有伊连哈比尔尕山东段等，这样的地形便于官军驻守，利用相应的地理优势。
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