此后，合众地区流传起了龙神的传说，进入了充满神秘色彩的龙神时代。在这个时代，最出名的当属两位王子，他们分别驾驭着代表真实和理想的两位龙神，为了争夺王位，代表人类与神奇宝贝展开了激烈的角逐。
一千年前，一颗巨大的陨石向着地球呼啸而来，试图毁灭这片世界。阿尔宙斯挺身而出，全力阻挡陨石的降临。在这场艰难的战斗中，阿尔宙斯付出了巨大的代价，祂原本身上拥有的十八块生命之源的石板，在战斗中全部散落。后来，阿尔宙斯被达莫斯所救，为了感谢达莫斯的救命之恩，阿尔宙斯赋予他生命之珠，让米季那地区充满了生机与活力。
五百年前，关东帝国皇族的一脉前往合众地区。在机缘巧合之下，他们成功驾驭了真实龙神，获得了合众皇室的信任，并被赠予王位。
三百年前，关东和成都两大帝国之间的矛盾日益激化，最终爆发了激烈的冲突。关东帝国的大军如潮水般杀向圆朱市，一路上烧杀抢掠，生灵涂炭。在这场灾难中，铃铛塔也未能幸免，一场大火无情地烧毁了这座古老的建筑，三只小精灵不幸葬身火海。栖息在铃铛塔的双神之一的洛奇亚，无奈之下前往漩涡列岛。
凤王得知此事后，震怒不已，它施展神圣火焰，焚烧了关东帝军，为死去的小精灵报仇雪恨。同时，凤王也将那三只小精灵复活，它们就是之后的三圣兽。经此一役，凤王对人类彻底失望，它决定离开这片土地。
在离开之前，凤王命三圣兽作为人类的监视者，并承诺当它们承认人类与小精灵能够和平共处的时候，自己就会再度降临。
之后，两大帝国在白银山脉展开了一场规模空前的决战。双方投入了三十万大军，然而，这场残酷的战争最终以悲剧收场，双方的军队被白银山脉的野生精灵屠戮殆尽。
战后，关都两大帝国迫于各方压力，终于放下了成见，联合各个公国，成立了关都联盟。关东帝国的君王伊藤德暂代理事长。伊藤家族的大部分部人员扎根在关东和成都，合众一脉则依旧驻扎在合众地区，继续守护着家族的荣耀与使命。
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