因此，查嗣庭便成为雍正帝打击隆科多势力的一个关键突破口。
查嗣庭被关进大狱后，雍正帝命人查抄其府邸，结果发现在日记里面，查嗣庭写了许多“讥讪”“大不敬”之语，
如对康熙朝政有所批评，称“戴名世案（南山案）冤枉”等等。
最终 雍正帝为查嗣庭量身定做了四十二款大罪，比如“大逆不道，怨诽诅咒”等罪，论罪当斩。
还没行刑，查嗣庭在狱中含恨病死。
但即便如此，仍未能逃脱雍正帝的严惩，被下令戮尸枭首。
他的儿子查澐被判处斩刑，秋后问斩。
胞兄查嗣瑮、胞侄查基虽“从宽免死”，却被流放至三千里之外。
查嗣瑮年逾八十，不久便死于流放之地。
族人或被流放，或被赐予功臣为奴。唯有其兄、着名诗人查慎行父子“从宽免罪”，得以释放。
除了对查嗣庭家族的严厉惩处，雍正帝还下达禁令，停止整个浙江士人参加乡试会试三年。
这一举措，对浙江的文化发展和士人的仕途之路，都产生了极其巨大的冲击。
查嗣庭案被视为雍正朝的文字狱案件之一。
查嗣庭案以科场试题为切入点，表面上看似因文字获罪，实则是雍正帝精心策划的一场政治打击行动。
查嗣庭是隆科多的忠诚手下，通过此案，雍正帝成功削弱了隆科多的余毒，进一步巩固了皇权。
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